La Historia de Loja como centro urbano de cierta relevancia no tiene lugar hasta el dominio islámico de la península. Medina Lawsa será un núcleo estratégico desde el punto de vista militar al dominar la entrada a la vega granadina y el acceso a la capital del reino nazarita. La conquista cristiana en 1486 supone incorporación a la organización politico-administrativa del modelo castellano. Tiene lugar el repartimiento de casa y tierras (1486), y se realiza el primer padrón de vecinos (1491).
La agricultura es la base de la actividad económica y el gobierno de la vida del Concejo estará pronto dominado por una oligarquía ciudadana que se irá afianzando en el poder. Regido en principio por el Fuero de Córdoba, pasará a contar desde 1495 con un Fuero Nuevo y sus propias Ordenanzas. El Archivo tiene su origen en 1491 con la construcción del Arca del Concejo o de las tres llaves, para custodia de la documentación.
Su fondo documental, todo en papel salvo un fragmento de un códice litúrgico (Breviarium Plenarium) del XIII/XIV?, se extiende cronológicamente desde 1486 hasta la actualidad. Destaca la existencia entre sus fondos de dos ediciones incunables.
Nacimiento.- Creación Arca del Concejo o de tres llaves
Libro Capitular n º 4 Se ubica en las dependencias de la casa consistorial, en el escritorio del escribano de cabildo
Libro Capitular n º 6 Inventario del arca del archivo
Libro Capitular n º 16 Se ordena hacer inventario de todos los libros del cabildo que estaban en el escritorio de la planta baja de la audiencia y que después se subiesen a la sala del cabildo en un arca que se colocaría junto a la capilla
Libro Capitular nº 35 fol.106 v-107 r
Se decide finalmente hacer un cajón donde estén los papeles del oficio del escribano de cabildo
Libro Capitular n º 41 Fol.69v-70r Acuerdo de construcción de un archivo de papeles en la quadra o antecámara de la sala del cabildo
Legajo 48,20). Carta de excomunión impresa sobre papeles que faltan del archivo y arcabuces de la casa de armas
Libro de Cabildo n º 44 Sobre informe de cumplimiento de la comisión para encargo de las tres llaves de las cerraduras del archivo de papeles de la ciudad y entrega de las mismas al alcalde mayor, al teniente de alcaide y al escribano del ayuntamiento
Libro Cabildo n º 46 Acuerdo para quer se entregue una de las llaves del archivo a la justicia, otra al alcaide de la fortaleza y otra a uno de los escribanos del cabildo para custodia y guarda de los papeles
Libro n º 48 Acuerdo para que se haga un cajón que este en la sala del ayuntamiento donde este el libro del cabildo y otro de comisiones, con tres llaves, dos en poder de los escribanos de cabildo para evitar los inconvenientes que se siguen de no estar encerrados dichos libros (archivo?)
Libro Cabildo n º 49 Sobre autorización para que se descerraje la cerradura del archivo por ser necesario abrirlo para consulta de documentos y estar ausente el alcalde mayor que tiene una de las tres llaves
Libro Cabildo n º 49 Sobre mala organización de los papeles del archivo de esta ciudad y existencia de documentos en poder de particulares con el consiguiente perjuicio para los intereses de la ciudad
Libro cabildos n º 49 Acuerdo, en relación con rotura y arado de tierras de la ribera baja de Milanos por vecinos de Huétor Tajar, para que se busquen los papeles para la defensa de esta ciudad abriéndose el archivo y se hagan llaves nuevas distintas de las anteriores por haberse perdido alguna
Libro cabildos n º 49 Acuerdo sobre pago del coste de las llaves encargadas al cerrajero para el archivo que esta ciudad tiene para la custodia de sus papeles *1669/01/18 Se manda hacer inventario de todos los papeles pertenecientes a los oficios de escribanos de esta ciudad, situados en el aposento debajo de las escaleras de la casa ayuntamiento
Libro cabildos n º 49 Acuerdo para que se haga una llave de las del archivo, por haberse perdido, y se abra el archivo para sacar los papeles que se necesitan
Libro Cabildo n º 49 Sobre encargo al administrador de los Propios de la ciudad de compra de un libro de cuatro manos de papel blanco para que esté en el archivo donde se ponga razón de todos los papeles que del entraren y salieren
Libro Capitular n º n57 Se manda hacer una cerradura para el archivo y se entregue la llave al regidor mas antiguo
Libro Capitular n º 57 Se da razón de cómo falta en el archivo que la ciudad tiene para guarda de sus papeles, una de las tres llaves, y se ordena que se haga y se entregue al regidor más antiguo
Libro Capitular n º 58 Se hace un archivo para los dichos papeles en la sala de su ayuntamiento, al lado izquierdo de la capilla, haciendo separaciones de tablazón fuerte para que estén los papeles con toda distinción, y poniéndole un postigo muy fuerte para que en él se pongan las llaves necesarias, concluyéndose las obras el 29 de abril de ese año.
Libro n º 60 Sobre informe de Comisión dada para recuperar los ornamentos de decir misa de la capilla del cabildo y las llaves del archivo que estaban en poder del fallecido D. Geronimo Ortiz de Morales escribano del cabildo. Vista la cerradura corriente existente en el arca del archivo se manda hacer las otras dos llaves, como anteriormente, para la mejor custodia de los papeles
Leg n º 93, Pieza n º 24 Petición de regidor para que el escribano de cabildo entregue las llaves del archivo y saque inventario de los papeles
Leg n º 50, Pieza n º 23 Inventario de los documentos contenidos en el archivo municipal *1682/08/17
Libro n º 61 Sobre petición de consulta de documentos del archivo y préstamo de originales para acreditar pruebas de nobleza de D. Bartolomé Colmenares ante el Consejo; se autorizan traslados en caso necesario pero no la salida de los originales salvo acuerdo del cabildo pleno
Libro n º 61 Sobre autorización para llevar a Madrid dos libros de repartimientos del archivo de esta ciudad a petición de D. Bartolomé Colmenares en procedimiento para prueba de hidalguía; se exige fianza , recibos y se da comisión a un caballero regidor que custodie en todo momento dichos libros y se desplaza a la Corte
Libro Capitular n º 62. Acuerdo para que el libro capitular esté en el Cajón (archivo), que hay en la Sala Capitular y se entregue la llave a D. Francisco de Campo, para que con su asistencia se saquen los despachos necesarios
Libro Capitular n º 62. Acuerdo sobre entrega de las llaves del archivo en ausencia del teniente de alcaide de la fortaleza al que corresponden como más antiguo
Sobre exhorto judicial para cierta demostración que necesita de instrumentos de los que están en el Archivo
Libro Capitular n 68. Inventario de los efectos existentes en el cuarto alto de la audiencia, en especial las armas y dos arcas de archivo
Libro Capitular n º 77
Libro Capitular n º 78
Libro Capitular nº 78
Sobre comisión para arreglo de los papeles del archivo y forrar los libros capitulares antiguos y otros modernos que fuese necesario conservar
Sobre traslado de los papeles del archivo al salón alto de las casas consistoriales, del que habían sido desalojados para obras que no pudieron ser realizadas.
Legajo 204, 1.Inventario de documentos y enseres existentes en las oficinas de la casa del cabildo con referencia a lo reseñado en el realizado el 1 de julio de 1895 y al margen de los documentos anteriores que forman parte del archivo municipal).
Legajo 204,2. Adiciones al inventario de los documentos existentes en las oficinas de esta casa de cabildo 1907-1909(se entiende que aun no formaban parte del archivo municipal)
Legajo 204,3. Inventario de los documentos existentes en el despacho de Secretaria de esta Ayuntamiento (se entiende que aun no forman parte del Archivo Municipal en este momento)
Legajo 204,4. Actas de inventario de los documentos existentes en las oficinas de Secretaria, Negociado Militar, Quintas, Amillaramientos, Contaduría y Depositaria (se entiende que no formaba parte aun del archivo municipal)
Sobre sustitución interina en la plaza de Auxiliar de Secretaria al cargo del Archivo y Biblioteca y convocatoria